3-Indolazijnzuur is een soort plant auxine. Auxine heeft veel fysiologische effecten, die verband houden met de concentratie. Een lage concentratie kan de groei bevorderen, en een hoge concentratie zal de groei remmen en zelfs planten doden. Dit remmende effect houdt verband met de vraag of het de vorming van ethyleen kan induceren. De fysiologische effecten van auxine manifesteren zich op twee niveaus. Op cellulair niveau kan auxine de deling van cambiumcellen stimuleren; stimuleren de verlenging van takken en remmen de groei van wortelcellen; bevorderen de differentiatie van xyleem- en floëemcellen, bevorderen de wortel van stekken en reguleren de morfologie van callus. Op het niveau van organen en hele planten werkt auxine van zaailing tot fruitrijping. Auxine regelt de omkeerbare remming van rood licht van hypocotylverlenging bij zaailingen; wanneer het overgaat naar de onderkant van de scheuten, produceert het vertakkingsgeotropisme; wanneer het wordt overgebracht naar de tegenlichtzijde van de scheuten, produceert het vertakte fototropisme; 3-indolazijnzuur veroorzaakt een apicaal voordeel en vertraagt ​​de veroudering van het blad. Auxine bevordert de bloei, induceert parthenocarpische vruchtontwikkeling en vertraagt ​​de vruchtrijpheid.